МАГАТЭ выступает в качестве депозитария нескольких международно-правовых документов о гражданской ответственности за ядерный ущерб, которые призваны обеспечить возмещение ущерба, в том числе трансграничного, причиненного в результате ядерного инцидента, произошедшего на ядерном объекте или при перевозке ядерного материала до объекта или из него. К таким документам относятся Венская конвенция о гражданской ответственности за ядерный ущерб и Протокол о внесении поправок в нее, Совместный протокол о применении Венской конвенции и Парижской конвенции и Конвенция о дополнительном возмещении за ядерный ущерб.
Поддержку Агентству в его деятельности в сфере ядерной ответственности оказывает ИНЛЕКС — Международная группа экспертов по ядерной ответственности.