Une étude prouve l’efficacité de nouvelles trousses de test pour le dépistage de la COVID­19

Dans les quelques jours, d’une importance déterminante, qui ont suivi l’apparition de l’épidémie de COVID-19, la demande de nombreux biens de consommation, depuis les articles ménagers et équipements de protection jusqu’aux ingrédients et substances nécessaires à la réalisation des tests de dépistage du virus, s’est envolée - avant de faire place à une pénurie. Tous les pays se sont alors trouvés confrontés à la nécessité de dépister massivement les cas de COVID-19, et les laboratoires appelés à réaliser ces tests ont opté pour la méthode dite de la réaction en chaîne par polymérase en temps réel après transcription inverse (RT-PCR en temps réel). Considérée comme étant la plus précise qui soit pour détecter, tracer et étudier la COVID-19 (voir page 8 pour en savoir plus), cette méthode a toutefois été à ce point prisée que les ressources en la matière n’ont plus suffi et que certains laboratoires se sont mis en quête de solutions de rechange qui seraient plus facilement disponibles et moins onéreuses.

L’AIEA et l’Organisation des Nations Unies pour l’alimentation et l’agriculture (FAO) ont récemment mené, en collaboration avec l’Agence autrichienne pour la santé et la sécurité sanitaire des aliments (AGES), une étude visant à tester l’efficacité et la qualité d’un certain nombre de ces alternatives. Une étude dont les résultats ont des répercussions sur la lutte contre la COVID-19 qui se poursuit dans les pays en développement et au-delà.

La solution ? Les réactifs...

Les réactifs désignent les substances, composés, amorces, sondes, enzymes et tampons dont les laboratoires ont besoin pour réaliser les tests. Aussi indispensables que les ingrédients essentiels d’une recette culinaire, ce sont eux qui facilitent la réaction chimique et garantissent la qualité du résultat final - à l’image, si l’on peut dire, du sel et du beurre que l’on utilise en cuisine.

« Face à un accroissement de la demande semblable à celui observé durant la crise de la COVID-19, nombre de laboratoires risquent de se trouver rapidement à court de réactifs et d’être contraints, faute de pouvoir les obtenir auprès de leurs sources habituelles, de se tourner vers d’autres fournisseurs qui seraient en mesure de leur livrer des réactifs ou autres kits de diagnostic moléculaire ad hoc », explique Adi Steinrigl, Chef adjoint du Département de biologie moléculaire à l’AGES. « Les laboratoires qui réalisent des tests RT-PCR utilisent des réactifs provenant de sources sûres, qui se présentent généralement sous la forme d’un mélange maître ou de solutions toutes prêtes pour trousses de test, dites ‟trousses de diagnostic moléculaire ad hoc”. »

Un mélange maître (ou master mix) est une solution pré-mélangée qui contient tous les composants nécessaires à un test RT-PCR en temps réel ; il ne s’agit pas d’une solution propre à un échantillon, ce qui signifie que les mêmes réactifs utilisés pour dépister le virus de la COVID-19 peuvent également servir à détecter d’autres virus. Les trousses ad hoc sont quant à elles destinées à des maladies et agents pathogènes spécifiques.

En avril 2020, le Centre mixte FAO/AIEA des techniques nucléaires dans l’alimentation et l’agriculture a lancé, en collaboration avec l’AGES, une étude ayant pour objet d’évaluer et de comparer huit mélanges maîtres et trois kits ad hoc mis au point par des entreprises établies en Allemagne, en Autriche, aux États-Unis d’Amérique, au Japon, en République de Corée et au Royaume-Uni.

L’étude a été réalisée à partir des types de mélanges maîtres les plus couramment utilisés que propose le marché international parmi les multiples tests moléculaires commercialisés pour le dépistage de la COVID-19 - en juillet 2021, la Fondation pour les nouveaux diagnostics innovants en avait répertorié 388.

Des résultats prometteurs

Dans les laboratoires FAO/AIEA implantés à Seibersdorf (Autriche), les experts de l’Agence ont testé 178 échantillons cliniques fournis par l’AGES, en utilisant la totalité des 11 mélanges maîtres et trousses commerciales. Il ressort de l’étude que tous les mélanges maîtres et toutes les trousses ad hoc qui ont été testés peuvent servir au dépistage systématique du virus de la COVID-19.

« Ce que révèle cette étude, c’est que les produits testés ont donné des résultats similaires à ceux que l’on obtient avec les réactifs recommandés par l’Organisation mondiale de la Santé (OMS) », déclare Giovanni Cattoli, chef du Laboratoire de la production et de la santé animales du Centre mixte FAO/AIEA. « Dans un pays où les réactifs recommandés ne sont pas disponibles ou sont extrêmement chers, les laboratoires peuvent les remplacer par certains autres réactifs mentionnés dans l’étude, qui leur donneront des résultats tout aussi précis. Cette étude nous a permis de valider des solutions alternatives grâce auxquelles les laboratoires du monde entier peuvent utiliser les réactifs disponibles pour procéder rapidement à des tests de dépistage de la COVID-19 au sein de vastes populations ; elle a ainsi rendu les tests plus accessibles. »

Le temps et le coût d’un test RT-PCR en temps réel varient beaucoup d’un pays à l’autre. Quelques heures sont en général nécessaires, une fois les échantillons réceptionnés, pour obtenir les résultats d’un tel test ; quant au coût des réactifs, il dépend du fabricant et du type de produit. Globalement, ajoute Giovanni Cattoli, il faut compter entre 7 et 20 euros environ pour un test, hors frais de personnel.

Adi Steinrigl reconnaît lui aussi que les coûts des réactifs et des trousses de diagnostic moléculaire ad hoc peuvent considérablement varier : « La comparaison de leurs performances respectives peut vraiment permettre de réaliser des économies. On constate que les solutions meilleur marché ne livrent pas nécessairement des résultats moins exacts que les solutions plus chères ».

Les procédures et résultats de l’étude ont été communiqués au Réseau de laboratoires diagnostiques vétérinaires (VETLAB) de l’AIEA, laboratoires qui ont, pour certains d’entre eux, été invités par les autorités nationales à fournir des tests de dépistage de la COVID. Le Réseau compte actuellement 46 pays participants en Afrique et 19 en Asie. L’étude a également été publiée sur le site Internet du Journal of Virological Methods, en juin 2021.

Pour Giovanni Cattoli, « il conviendrait de réaliser des études de ce type pour d’autres maladies animales et zoonoses transfrontières ». L’AIEA mène une étude similaire concernant la fièvre porcine africaine. « Il est important de savoir quel type de réactifs pourrait se prêter à des tests RT-PCR en temps réel pour ces maladies et de s’assurer que les résultats qu’ils livreront seront identiques à ceux fournis par les protocoles recommandés. »