2022年初，突尼斯的一家病毒学实验室收到了兽医怀疑感染口蹄疫的奶牛的口腔样本。口蹄疫是一种影响牛、猪和山羊等偶蹄动物的高度传染性疾病，可导致动物和动物产品的地区和国际贸易中断。该病的特征是发烧和蹄间、口腔、舌头和嘴唇上出现水疱样疮。
突尼斯兽医研究所病毒学实验室的病毒学家Soufien Sghaier在将样本提交给基因测序服务机构的几天内，收到了有助于确认口蹄疫毒株正在传播的结果。Sghaier得以通知兽医当局实施控制措施，以防止疾病蔓延。对毒株的及时确认，由原子能机构与联合国粮食及农业组织（粮农组织）合作完成。粮农组织为测序服务提供便利，并提供处理结果所需的培训。
“我们很快收到了一例口蹄疫疑似病例的测序结果。样本于周五被送往柏林的一家实验室，我们于周一下午收到了测序结果。”Sghaier解释说，“这使我们能够在创纪录的时间内进行分析，确定口蹄疫的具体毒株。到星期二，我们已将关于口蹄疫毒株的报告发送给兽医当局。”为了选择或开发有效的疫苗，需要对口蹄疫毒株进行鉴别。
基因测序对于确定一种流行疾病是地方性疾病还是外来输入疾病非常重要。粮农组织/原子能机构粮农核技术联合中心动物卫生官员Ivancho Naletoski说：“基因测序可帮助我们了解病原体（引起疾病的生物体）属于哪个毒株，以及哪种疫苗对病原体有效。”根据基因测序，可以创建绘制物种谱系的系统发育树。
“我们通过系统发育分析，确定我们已经有了一种可以保护我们牛群的疫苗。兽医当局实施了周边疫苗接种，以减少口蹄疫传播的风险。”Sghaier说。周边疫苗接种，或缓冲带疫苗接种，有助于防止病毒传播到其他地理区域。
